1945 年，台灣光復，兩年後不幸發生二二八事件，接收台灣的國民政府接著實施近四十年的戒嚴。可能是教會本身仍在重建當中，當時還不敢向政府提出諍言。1951年，南北教會合一，正式成立「台灣基督長老教會總會」。1954 年，為了迎接設教百週年，南部大會發起倍加運動，後為總會所接納。七十年代，台灣基督長老教會積參與社會，關心台灣政治現況，發表一連串的聲明，並與受苦受難的民眾站在一起。1971 年發表「對國是的聲明與建議」，主張中央民意代表全面改選，並呼籲國際社會正視台灣人民有權利決定自己的前途。1975 年再提出「我們的呼籲：關於聖經，教會和國家」，呼籲教會內部團結，並要求政府突破外交困境，保障人民福祉。1977年面對中國企圖併吞台灣之際，長老會再度發表「人權宣言：致美國卡特總統、有關國家及全世界教會」，主張台灣的將來應由台灣一千七百萬住民決定，並呼籲政府帶領台灣成為一個新而獨立的國家。這些建言在當時被視為禁忌，台灣基督長老教會也為此付上不少代價，但現在政府卻朝此方向在努力。

　目前在台灣，台灣基督長老教會是最大的教派，有一千一百間以上的教會，專職傳教師亦超過一千。另有附設四所神學院，三家醫院以及許多關心社會問題的機構。